Snake：Otacon，怎么了？
Otacon：JD正在被消除！
（周围的屏幕突然全部显示出Naomi的视频）
Naomi：Snake……Hal……是你，是吗？我希望是你在听。你上传的病毒是利用GW作为沟通渠道来彻底消灭整个AI网络，它用以摧毁全部四个AI以及同它们绑定在一起的核心——JD。我放上了这个视频，只要它们全部消失就能播放出来。“爱国者之子”仅仅是个开始。爱国者正计划用纳米基因对全人类实现“系统”控制。我有责任阻止这一切。在Sunny小小的帮忙下，她帮助了我，她相信她的天分能帮助你们大家消灭GW。她创造的是一种反AI的FOXDIE病毒，不过这种病毒的名字叫FOXALIVE。它利用的是我那些年所创造的纳米基因相对的理论。我们希望解放被捕的狐狸们，让它们在野外自由奔跑。你听到这的时候，我恐怕已经不在了。这是种奇怪的感觉，在死后还留下了一条信息要发送。Hal……如果你在听……
Otacon：Naomi……
Naomi：对不起……抱歉欺骗了你。像那样欺骗你，比其他任何东西对我的伤害都深。我之前想过向你道歉……但始终没有机会。
Otacon：Naomi……
Naomi：还有，最后……你让我感受到了活着的快乐。谢谢你，Hal……谢谢……Hal……
Naomi：Snake……听我说……我们的故乡再一次成为了一个天真的孩子。新的黎明冉冉升起。现在她能为自己创造一个新的命运。Snake……这个时刻已经来临。你已经赢得了剩余的生命。玫瑰花瓣即将凋落……
Otacon：Snake……Snake？！Snake！
（甲板上，Otacon终于把Snake叫醒）
Otacon：Snake……在这里等着。我去拿药。
Mei Ling：够了！停止这无意义的战斗！这里没有战争！
（Otacon离开后，朦朦胧胧中，Snake迎来了最后的宿敌）
Liquid：醒醒吧，Snake。看看，战争结束了。
Snake：为什么？你本可以阻止我们的？
Liquid：阻止你们？我为什么要那么做？这正是我所希望的结局。返回到老爹时代之前，到Zero创造爱国者之前……美国、中国和苏联，签订了秘密条约。他们创造的组织叫作“哲学家”，通过两次世界大战，它的根基不断延伸，收入不断扩充。在那之后，“哲学家”发生分裂，集团间开始为他们聚敛到的财富争论，他们称之为“哲学家的遗产”，这笔巨额财富后来为Zero的爱国者提供了创办资金。Zero摸索着利用他的财富达到统治世界的方法。我们的老爹，Big Boss，则在摸索着从那个牢笼里解放出来的方法。他的梦想是创造一支拥有自由人权的军队，无的……
Snake：世外天堂。
Liquid：但他失败了，因为你。九年前，我设法把我们从我们体内基因的控制中解放出来。四年后，我们可敬的兄弟——Solidus，探索着把我们从爱国者拟子的控制中解放出来。所有的那些，所有的一切都只不过是尝试与失败的一个进程。最终的结果就是“世外天堂”，为了从对爱国者的士兵实行强制外部控制的最终形式——“爱国者之子”中解放出来。摆脱FOXDIE，摆脱“系统”，摆脱ID控制，让我们的思想摆脱那些家伙，那就是我所向往的避风港。（Liquid为Snake连续注射了药液）时候到了，兄弟，我们的最后时刻。战斗已经结束，但我们还没有解放。战争结束了，但……我们还有一笔账要算。让我见识一下吧，Snake！
Snake：Liquid！！！
Liquid：Snake！！！
Liquid：还没完呢！
（决斗结束）
Liquid：这仅仅是个开始，Snake。美国将陷入混乱，又会重新回到西大荒时代。没有法律，没有秩序。战火将蔓延整个世界，人们会战斗，通过战争他们将会知道生命的全部。最后，我们父亲的理想……他的世外天堂……就完成了。千里之外，我知道他一直在笑。我们是人类创造的野兽，除非没有了光，否则影子就不会消失。只要有光，消除影子就没有用。我是Liquid的灵魂体，而你是他的。就像你的老爹。你干得很好。
Otacon：Snake！
Otacon：Sunny的程序摧毁了JD的大脑，但脑干还保持完整。她对Naomi的黑盒子进行分析，从爱国者的控制系统中分离出了维持这个社会最至关重要的生命线部分。水……空气……电……食物……医疗、通讯、运输……她在切断爱国者的控制同时保留了现代文明。或许这就是为她的母亲——Olga报仇的方式，也可能是她想为自己的理想蓝图规划未来，或者……还可能……就只是一次大的数据重组优化。FOXALIVE，AI是真实存在的。爱国者的统治已经瓦解，但我们的文明，还在……从黎明时开始，在战争中繁荣……继续。我在想我们是不是做对了。Naomi……我们失去了什么？我们救了什么？