Snake：我不会的。
Drebin：再见，Snake。
（换碟恶搞片段待补）
（前进到地下一层的大门前，门被锁上了）
Snake：Otacon，这道门怎么打开？
Otacon：没开着吗？奇怪……我想是实验室的安全系统掉线了。
Snake：我们本可以从这到达REX的停放库。
Otacon：有了。如果记忆没错的话，这儿有浇铸和引流设施直接到熔炉下面。你应该能通过它们到通向停放库的排水管道。
Snake：我怎么到那？
Otacon：在这层的西北角应该有个用于特殊服务的电梯。
Snake：西北角，收到。
（到达电梯，两段回忆）
Miller：Snake，我得到了一些关于Naomi Hunter的东西要告诉你。
Snake：她怎么了？
Miller：她可能是个间谍！
Snake：来杀我的？那就是你所担心的？
Naomi：Frank Jaeger，你所杀的人，是我哥哥，我唯一的亲人。
Snake：Gray Fox（灰狐）？
Naomi：你杀了我的恩人，还把我哥哥打成残废送回来。我发誓要报仇。
Snake：但我还不能死，我还有个任务要做。
Naomi：我发誓要报仇……
（进入下水道）
Otacon：最后了，它就在前面。停放库就在前面不远。保持警惕。
（来到REX停放库）
Otacon：等一下，Snake。我来启动它（电梯）。
（乘电梯到达上层）
Otacon：REX！看！电磁轨道炮被拿走了！Liquid并不需要整架REX来发射他的核弹……他只需要电磁轨道炮。
Snake：该死的！已经被运走了吗？
Otacon：等一下，我检查一下。
Vamp：恐怕是这样的。对你们来说很不幸啊……电磁轨道炮不在这了。
Snake：Naomi！
Vamp：这里将是你的墓地，正如我的女王所愿。自杀式的Gekko已经在路上。很快，这里将夷为平地。
Snake：我们被包围了，Otacon！
Otacon：Snake，我想我能让它动起来，只需要点时间！
Snake：赶快！
Naomi：我把剩下的交给你了。
Snake：Naomi！
Vamp：太棒了……在它们到来前你就陪我玩玩吧。
（随着Snake以CQC将药剂注射到Vamp体内，战斗终于结束）
Vamp：你做了什么？
Snake：那么，现在你是个纯粹的人类了，就像剩下的我们一样。
Vamp：聪明……但你能杀了这个纯粹的人类吗？
（话音刚落，自爆式的Gekko大量赶到）
Snake：Gekko！
Otacon：Snake！小心！它们搭载了自爆装置！
（就在Gekko要攻击Snake的刹那，雷电及时赶到）
Raiden：Snake……很抱歉让你久等了。
Snake：你准备好了？
Raiden：Sunny给了我前进的许可。
Vamp：怎么样，不死的男人？也想死了吗？
Raiden：抱歉……但我还不能死。
Vamp：那就杀了我。
Raiden：Snake，这个人是我的，你对付那些Gekko。
Snake：Otacon，我们会给你争取一些时间。
Otacon：我会尽力的！
（对峙的雷电与Vamp）
Vamp：等等……你也是个侦察员，不是吗？那就让我们用匕首一决胜负吧。
（战斗结束，Otacon完成了REX的准备工作）
Otacon：Snake，躲开！
Snake：REX！
Otacon：这东西终于搞定了。
Naomi：他再也不是不死之身了。通过体内纳米基因的作用，他的自然恢复力被进一步提升。但在经历了这么多的战斗后，他终于到达了极限。
Vamp：医生……解除我的痛苦。
Raiden：Naomi……Sunny让我告诉你一件事。
Naomi：是什么？
Raiden：“我会煎了。”
Naomi：我知道了。很好，Sunny。你终于做到了。（对着在地上痛苦的Vamp）不，我救不了你了。你得相信我，Emmerich博士。把这个给他……不是为了复仇，而是结束他的痛苦。
（Otacon用Mk.III接过注射器，Vamp一把抓了过来向自己注射。）
Naomi：现在你可以做回真实的自己了。你可以安息了。
Vamp：我可以……死了？
Naomi：是的。原谅我。
Otacon：这改变不了什么，为什么？
Naomi：我们不能……忘掉过去。还有……我们不能原谅。因此我们能做的唯一一件事就是……结束这一切。Snake，Liquid就在我们下面。他偷走了爱国者系统，避开了他们的视线，并拿走了方舟。
Snake：方舟？
Naomi：一艘战舰……登岸后就会被解放……法律……国家……或网络。他们能真正从爱国者的枷锁中释放出来的唯一的地方，他们能获得自由的地方。“世外天堂”。
Snake：“世外天堂”……？
Naomi：Liquid计划从那艘船上发射核弹。Snake……你的出生就是让你来完成你的使命。当一切结束时，除了接受死亡，你别无选择。我们的出生仅仅是为了让我们能弥补我们的罪恶。你的生命是出于那种特别的目的创造的。我们都必须弥补我们自己的罪恶。我们绝不能把它们传递给下一代。我们绝不能把它们留给未来。那就是你的真实命运……一个甚至你无法抗拒的命运。
（说完Naomi向自己注射了药剂）
Otacon：Naomi！
Snake：你做了什么？
Naomi：Vamp和我……我们是一样的。我们都是行尸，我们的身体仅仅是依靠纳米基因活着。
Snake：那么你……
Naomi：癌症。我甚至不该活到现在。纳米基因阻止了癌细胞的扩散，但除此之外就没有其他作用了。纳米基因消失后，时间就会解冻，重新开始流逝。
Otacon：你在说什么？